在进行操作前应对实验材料有一个初步的认识，同时了解自已所使用的设备的性能及安全等级。严格执行实验室安全规程。特定病原在任何洁净工作台中的使用必须进行安全性评估。如果实验材料会对周围环境造成环境污染，就应避免在无排气滤板的型号内使用，因为在流动空气中操作与散毒无异。
维护:
1、工作台是一台较精密的电气设备，对其进行经常性的保养和维护是非常重要的。
2、滤板和紫外杀菌灯都有标定的使用年限，应按期更换。
3、首先要保持室内的干燥和清洁，潮湿的空气既会使制造材料锈蚀，还会影响电气电路的正常工作，潮湿空气还利于细菌、霉菌的生长。清洁的环境还可延长滤板的使用寿命。
4、定期对设备的清洁是正常使用的重要环节。清洁应包括使用前后的例行清洁和定期的处理。熏蒸时，应将所有缝隙完全密封，如操作口设有可移动挡板封盖的类型超净工作台，可用塑料薄膜密封。